中國科學院昆明植物研究所（以下簡稱“昆明植物所”）是中國科學院直屬科研機構，是我國植物學、植物化學領域重要的綜合性研究機構。研究所以“原本山川 極命草木”為所訓，旨在認識植物、利用植物、造福于民。
研究所前身是靜生生物調查所和云南省教育廳于1938年7月合作成立的云南農林植物研究所。1950年4月轉屬中國科學院，更名為中國科學院植物分類研究所昆明工作站。1953年3月更名為中國科學院植物研究所昆明工作站。1959年4月，經國家科委批準，正式成立中國科學院昆明植物研究所。現任所長孫航研究員，黨委書記楊永平研究員。
研究所占地面積1018畝，建有昆明和麗江兩個園區。研究系統設置“三室一庫”，即植物化學與西部植物資源持續利用國家重點實驗室、中國科學院東亞植物多樣性與生物地理學重點實驗室、資源植物與生物技術重點實驗室、中國西南野生生物種質資源庫。植物標本館（KUN）館藏標本140余萬份，是全國第二大植物標本館。種質資源庫已保存野生植物種子9484種，占中國種子植物總數的31.8%。現有參股企業3家，其中云南云投生態環境科技股份有限公司為深圳證券交易所上市企業。
新時期，研究所深入實施“一三五”規劃，并結合研究所分類改革確定了“率先行動”計劃聚焦的五個重點研究領域和四個服務項目，形成了新時期的辦所方針。
新時期辦所方針：立足中國西南，輻射東南亞和喜馬拉雅，在植物學、植物化學及植物資源發掘、利用與保育等領域取得重要突破，為我國生態文明建設、生物多樣性保護、生物資源的持續利用和產業發展做出重要貢獻。
三個重大突破：引領“iFlora研究計劃”、新藥創制研發、植物種質資源與產業發展
四個服務項目：植物中高含量天然產物功能發掘與利用、特色資源植物研發與產業促進、典型區域特色生物產業示范與民生改善、iFlora與綜合服務。
五個重點研究領域：植物分類與生物地理、植物化學與天然產物研發、野生種質資源保藏與利用、民族植物學與區域發展、資源植物研發與產業化。
1.人才隊伍建設。
截止2016年12月31日，有中國科學院院士2人，國家杰出青年科學基金獲得者8人，國家優秀青年科學基金獲得者3人，“百千萬人才工程”國家級人選6人，國家“萬人計劃”科技創新領軍人才2人（新增2人），享受國務院頒發政府特殊津貼人員11人，科技部“中青年科技創新領軍人才”入選者2人，國家“外專千人計劃”入選者1人，國家“青年千人計劃”入選者4人，中科院“百人計劃”入選者22人，中科院“青年創新促進會”會員23（新增4）人，云南省“高端科技人才引進計劃”入選者14人（新增3）。云南省“海外高層次人才”入選者13人。從國內外引進各類人才37（新增4）人。
研究所現設有生物學和藥學2個博士后科研流動站，2016年進站15人，出站8人，并獲云南省首批受資助博士后科研流動站。
2.爭取和承擔科研任務。
近年來，研究所積極承擔國家各類科技項目，成績顯著。2016年，共獲立項國家各級財政科技計劃資助項目131項，新增經費8248余萬元。承擔國家部委及地方在研的主要科技計劃項目（課題）共有61項（新增23）。其中，承擔國家重大科技專項課題1項（在研），主持國家重大科學研究計劃項目1項（在研），承擔（或參加）國家重點基礎研究發展計劃（973）2項（在研），承擔國家高技術研究發展計劃（863）1項（在研），參加國家科技支撐計劃項目3項（在研），承擔科技基礎性工作專項重點項目2項和課題1項（在研）；承擔NSFC重大項目1項（在研）、承擔NSFC重大國際合作研究項目5項（新增2項）、承擔NSFC重點項目2項（在研）、承擔NSFC-云南省聯合基金項目11項（新增1項）、承擔國家杰出青年科學基金項目3項（在研）、承擔國家優秀青年科學基金項目3項（在研）、承擔NSFC重大研究計劃培育項目1項（新增1項）；
3.科研工作進展與獲獎情況。
2016年共獲授權專利33項，其中1項為美國專利，獲計算機軟件著作權登記證書2項。云南省園藝植物新品種登記證書2項。獲云南省自然科學一等獎1項、云南省自然科學二等獎2項、云南省自然科學三等獎1項，科技進步獎創新團隊類一等獎1項。2016年度，共發表SCI論文504篇，其中第一作者單位發表SCI論文236篇，領域前15%的有150篇，領域前30%的為248篇。CSCD文章共有92篇；出版專著、譯著7卷冊。研究所現有生物學和藥學2個一級學科博士培養點，下設植物學、生物化學與分子生物學、藥物化學和藥理學4個二級博士培養點和對應碩士培養點，并在生物工程和藥學2個專業型碩士培養點招生。在讀研究生458人，其中博士研究生212人，在讀碩士研究生246人，包含在讀留學生27人。
4.院地合作及科技成果轉移轉化。
昆明植物所設有昆明植物園和麗江高山植物園，其中昆明植物園2005年被中國科協命名為“全國科普教育基地”；研究所與世界農用林業中心（ICRAF）共建“山地生態系統研究中心”，與浙江省海鹽縣共建“海鹽工程技術中心”，中國科學院青藏高原研究所昆明部在此掛靠。昆明植物所設有公共技術服務中心，是中國科學院昆明生物多樣性大型儀器區域中心重要組成單元；設有科技信息中心，承擔中國科學院超級計算環境昆明分中心和昆明儲存分中心的運維工作。
5.主要掛靠的學會、主辦或承辦的重要出版物等。
研究所是云南省植物學會和中國植物學會民族植物學分會的掛靠單位，其中云南省植物學會通過了云南省學術性社會團體的等級評估，獲得了4A級學會稱號。研究所主辦3個學術期刊，《植物分類與資源學報》完成改版并更名為Plant Diversity（《植物多樣性（英文）》），全年出版正刊6期42篇，文章被ScienceDiret數據庫收錄；Fungal Diversity（《真菌多樣性》）2016年發表論文6期27篇，為真菌學領域排名第二的期刊，最新影響因子為6.991；Natural Products and Bioprospecting（《應用天然產物》）為開放源期刊，被ESCI收錄，全年發表正刊6期34篇。
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