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第二十一條  禁止無證或者未按許可證的規定生產經營菌種；禁止偽造、涂改、買賣、租借《食用菌菌種生產經營許可證》。

第二十二條 菌種生產單位和個人應當按照農業部《食用菌菌種生產技術規程》生產，并建立菌種生產檔案，載明生產地點、時間、數量、培養基配方、培養條件、菌種來源、操作人、技術負責人、檢驗記錄、菌種流向等內容。生產檔案應當保存至菌種售出后2年。

第二十三條 菌種經營單位和個人應當建立菌種經營檔案，載明菌種來源、貯存時間和條件、銷售去向、運輸、經辦人等內容。經營檔案應當保存至菌種銷售后2年。

第二十四條 銷售的菌種應當附有標簽和菌種質量合格證。標簽應當標注菌種種類、品種、級別、接種日期、保藏條件、保質期、菌種生產經營許可證編號、執行標準及生產者名稱、生產地點。標簽標注的內容應當與銷售菌種相符。

菌種經營者應當向購買者提供菌種的品種種性說明、栽培要點及相關咨詢服務，并對菌種質量負責。

第四章  菌種質量

第二十五條 農業部負責制定全國菌種質量監督抽查規劃和本級監督抽查計劃，縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責對本行政區域內菌種質量的監督，根據全國規劃和當地實際情況制定本級監督抽查計劃。

菌種質量監督抽查不得向被抽查者收取費用。禁止重復抽查。

第二十六條  縣級以上人民政府農業行政主管部門可以委托菌種質量檢驗機構對菌種質量進行檢驗。

承擔菌種質量檢驗的機構應當具備相應的檢測條件和能力，并經省級以上人民政府有關主管部門考核合格。

第二十七條 菌種質量檢驗機構應當配備菌種檢驗員。菌種檢驗員應當具備以下條件：（一）具有相關專業大專以上文化水平或者具有中級以上專業技術職稱；（二）從事菌種檢驗技術工作3年以上；（三）經省級以上人民政府農業行政主管部門考核合格。

第二十八條  禁止生產、經營假、劣菌種。

有下列情形之一的，為假菌種：（一）以非菌種冒充菌種；（二）菌種種類、品種、級別與標簽內容不符的。

有下列情形之一的，為劣菌種：（一）質量低于國家規定的種用標準的；（二）質量低于標簽標注指標的；（三）菌種過期、變質的。

第五章  進出口管理

第二十九條 從事菌種進出口的單位，除具備菌種生產經營許可證以外，還應當依照國家外貿法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。

第三十條  申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫《進（出）口菌種審批表》，經省級人民政府農業行政主管部門審核，報農業部審批后，依法辦理進出口手續。

菌種進出口審批單有效期為3個月。

第三十一條 進出口菌種應當符合下列條件：（一）屬于國家允許進出口的菌種質資源；（二）菌種質量達到國家標準或者行業標準；（三）菌種名稱、種性、數量、原產地等相關證明真實完備；（四）法律、法規規定的其他條件。

第三十二條  申請進出口菌種的單位和個人應當提交下列材料：（一）《食用菌菌種生產經營許可證》復印件、營業執照副本和進出口貿易資格證明；（二）食用菌品種說明；（三）符合第三十一條規定條件的其他證明材料。

第三十三條 為境外制種進口菌種的，可以不受本辦法第二十九條限制，但應當具有對外制種合同。進口的菌種只能用于制種，其產品不得在國內銷售。

從境外引進試驗用菌種及擴繁得到的菌種不得作為商品菌種出售。

第六章      附則

第三十四條  違反本辦法規定的行為，依照《中華人民共和國種子法》的有關規定予以處罰。

第三十五條 本辦法所稱菌種種性是指食用菌品種特性的簡稱，包括對溫度、濕度、酸堿度、光線、氧氣等環境條件的要求，抗逆性、豐產性、出菇遲早、出菇潮數、栽培周期、商品質量及栽培習性等農藝性狀。

第三十六條  野生食用菌菌種的采集和進出口管理，應當按照《農業野生植物保護辦法》的規定，辦理相關審批手續。

第三十七條 本辦法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日農業部發布的《全國食用菌菌種暫行管理辦法》（農農發[1996]6號）同時廢止，依照《全國食用菌菌種暫行管理辦法》領取的菌種生產、經營許可證自有效期屆滿之日起失效。