中國科學院昆明植物研究所趙琪博士介紹說，羊肚菌種植存在菌種、環境和管理三大風險。羊肚菌物種共有100多個，可以種植的有9個，其中能夠有產量的僅有3個，哪一物種適合在哪些區域種植，大部分人是不夠了解的。就菌種本身而言，羊肚菌屬低溫菌，溫度稍高就容易老化、退化，造成這種現象還和做種工藝流程有關，如果不按照羊肚菌生物學特性配制相應的培養基、培養料，甚至采取節約成本、縮短周期等行為，都會導致菌種不純、老化速度加快、退化加速，這是在菌種種源上存在的風險。
云南雖然氣候條件優越，但設施條件相對較差，抵御極端天氣的能力和抗風險能力較弱，如遇溫度劇烈變化、干旱缺水、空氣濕度低等問題，就容易出現原基不分化，幼菇干死、熱死或凍死等，造成減產或絕收情況。此外，土壤中微生物生態平衡被打破，造成羊肚菌的有害微生物增多，或是種植時間長出現環境性拮抗，導致羊肚菌抵御雜菌的能力減弱，羊肚菌自身代謝物同樣會抑制自身生長。
羊肚菌種植，風險和效益并存，羊肚菌是一個種植周期短、效益高的農產品，俗話說，“七分靠管，三分靠種”，風險就來自于管理，大部分種植戶最開始探索種植時，往往會照搬別人或其他區域的管理模式，生搬硬套、不靈活把握，運用到自己的基地上，是不會獲得高產豐收的。
在菌種方面，要對種源進行出菇率、成菇率及抗性等系列研究。篩選菌種的原基、幼菇分化率，系統分析和研究小菇對溫度、濕度、細菌的適應性和抗性，并對其農藝性狀進行研究。
菌種是產業可持續發展的基礎，重要性毋庸置疑。羊肚菌菌種企業“百家爭鳴”，質量良莠不齊，菌種市場比較混亂，因此亟需建立“良種”“良法”的國家標準或行業標準。
現階段羊肚菌的經營較為分散，產品市場化的程度低，產業鏈還不完善，都需要逐步形成標準，確保羊肚菌產業從“種”到“收”再到“售”的體系完整。政府的引導和參與很重要，特別是在產業發展前、中期尤為關鍵，當地政府可以聯合相關科研單位，出臺相關扶持政策，針對不同地區制定適宜的栽培方法，讓農民從“想種”到“知道如何種”再到“如何規范化種”，充分發揮區域優勢，讓羊肚菌產業健康、持續發展。
在環境方面，要根據每個地區不同的氣候、土壤等調整種植模式和下種時間。因地制宜考慮遮陽網搭建高度、層數，平、拱棚選擇，選擇地膜材質和覆膜時間。尤其是對遮陽網下面，小拱棚高度必須每年依據降雨量和光照強度適時調整。同時，一定要避免重茬。重茬要注意更換物種而不是品種，例如今年種植“六妹”，明年只能種植“七妹”或“梯棱”，三個物種間倒茬時，必須進行土壤恢復或改良。土壤的鹽堿度和理化性質也需要尤為關注，要避免農藥化肥過多造成的土壤原基化和土壤板結。
在出菇方面，要注意催菇水不要變成“催命水”，催菇水要因時而異、因土壤而異、因氣候而異地澆水，當土壤濕度足夠大、空氣濕度足夠大時，就要衡量是否需要澆催菇水，最關鍵的一點在于種植戶應避免經驗主義，尤其不要輕易相信短視頻平臺的高產經驗。種植羊肚菌不僅要提升技術能力，還要注重認知和判斷能力的提升，不斷學習積累。
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